コンパイラ系をインストールして、nokogiri自体もコンパイルしてインストールし直した方がいいらしい。
apt-get update
apt-get install -y build-essential patch
apt-get install -y ruby-dev zlib1g-dev liblzma-dev
apt-get install -y git-core
git clone https://github.com/sparklemotion/nokogiri
cd nokogiri
sudo gem install bundler
bundle install
bundle exec rake test
sudo gem install nokogiri
参考リンク
https://github.com/sparklemotion/nokogiri/issues/1463
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